Pengorganisasian Gerakan PPK merupakan mekanisme koordinasi seluruh pemangku kepentingan atau ekosistem pendidikan yang terkait dengan penyelenggaraan PPK. Seluruh pelaku membentuk jejaring dan kolaborasi secara terintegrasi, sesuai dengan pembagian tugas dan tanggung jawab masing-masing.
Gerakan PPK diinisiasi oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan yang melakukan koordinasi sektoral antar-Kementerian/Lembaga seperti Kementerian Dalam Negeri, Kementerian Agama, Kementerian Keuangan, Kementerian/kelembagaan yang terkait dengan satuan pendidikan, dan Pemerintah Daerah. Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan bertugas dan berperan menetapkan kebijakan terkait dengan Gerakan PPK berkoordinasi dengan Kementerian/Lembaga lainnya.
Pemerintah Daerah, dalam hal ini Dinas Pendidikan di Provinsi/Kabupaten/Kota juga memegang peranan penting untuk melaksanakan PPK, dalam hal ini berperan mendampingi,membina, dan mengarahkan satuan pendidikan dan pengawas sekolah. Kepala Sekolah sebagai pengelola satuan pendidikan diharapkan dapat mengkoordinasikan personalia pendidikan, orang tua, komite sekolah, dan pelibatan publik untuk melaksanakan PPK di sekolah. Kepala sekolah bertanggungjawab dalam implementasi PPK agar dapat berjalan dengan baik.
Kegiatan-kegiatan dalam PPK menggunakan modelintegratif dan kolaboratif, sebagai berikut:
1.7.1.IntegratifPengembangan model integratif pembelajaran antara substansi mata pelajaran (isi kurikulum) dengan pengembangan karakter, secara substantif, proses pembelajaran maupun dalam sistem evaluasi dan penilaiannya. Pada model ini seluruh kegiatan ko-kurikuler dan kestra kuriuler dilaksanakan di dalam lingkungan sekolah dan dalam tanggung jawab sekolah.
1.7.2.Kolaboratif
Pengembangan model kolaboratif dengan memberdayakan aneka potensi lingkungan sebagai sumber-sumber belajar atau pelibatan publik yang mendukung penguatan pendidikan karakter. Pada model ini sekolah bekerja sama dengan mitra ke tiga, namun seluruh kegiatan yang dilaksanakan sepengetahuan dan menjadi tanggung jawab sekolah.